仙台駅やダム、空港など、日本各地で爆発事件が相次いだ。爆発が同時刻に起きている事実に、兵左衛門は疑念を抱く。
　そんな最中、和行、きいろ、公子の３人が「地球を守る」と書き置きをし、無断で小型潜水艇を持ち出してしまった。ガイゾックの基地を探索していた潜水艇はメカ鮫に襲われ、海中に脱出した３人の前に現れたのは巨大な空母輸送艦だった。なんとそれは、ガイゾックが捕えた地球人の体内に爆弾を仕込むと言う、恐ろしい兵器『人間爆弾』を製造するための工場だったのだ。
　救助した子供が神ファミリーと知ったキラーザ・ブッチャーは３人を人質にザンボット３の引渡しを要求。だが、ザンボット３をガイゾックに渡したら地球は亡んでしまう。苦渋の選択を迫られ、弟達の命を諦めろと母親達に言う恵子と宇宙太。しかし、勝平は「あの３人を助けられないで何が地球を守るだ！」救出を宣言。兵左衛門の救出作戦の号令に、弟妹達の命を諦めていた恵子と宇宙太も嬉々として立ち上がった。空母輸送艦に乗り込み時間稼ぎする勝平。ビアルI世で駆けつけた宇宙太達は敵の隙をつき３人を救出。だが、脱出した彼らの前に、空母輸送艦を装っていた、メカ・ブースト、ブウボンがその姿を現わした。